Le CMR a été fondé en 1874 par Alexander Mackenzie dans le dessein de « donner une instruction complète dans toutes les branches de la tactique militaire, des fortifications et du génie et de dispenser les connaissances scientifiques générales dans les disciplines qui sont directement reliées à la profession militaire. » Le 1er juin 1876, le Collège militaire royal du Canada a ouvert ses portes à la première promotion, qui comptait dix-huit élèves-officiers masculins, à Kingston, en Ontario. Ceux-ci forment les « Old Eighteen », un nom reconnu par les élèves-officiers encore aujourd’hui. Deux ans plus tard, en 1878, Sa Majesté la reine Victoria lui a accordé le droit d'utiliser l'adjectif « royal ». Le CMR offre maintenant une grande variété de programmes en sciences humaines et socilaes, en sciences et en génie.
La Division des études supérieures a été établie par le sénat du CMR en 1959. Elle a été renommée Division des études supérieures et de la recherche en 1963. Le premier diplôme d'études supérieures a été octroyé en 1966. La Division des études supérieures et de la recherche offre maintenant divers programmes au niveau de la maîtrise et du doctorat en sciences humanies et sociales, en sciences et en génie, sur place et à distance par l'entremise de la Division des études permanentes.